Sinds 1990 wijdt Kokyo Henkel zich volledig aan de Zenbeoefening. Hij deed uitgebreide residentiële ervaring op in onder meer Tassajara Zen Mountain Center, Green Gulch Farm Zen Center, No Abode Hermitage in Mill Valley, het Bukkokuji-klooster in Japan en Santa Cruz Zen Center. In 1994 werd hij door Tenshin Anderson Roshi gewijd tot Zenpriester, en in 2010 ontving hij van hem Dharma-overdracht — een teken van een diepgaand en jarenlang pad van studie, discipline en toewijding.
Naast Zen volgde Kokyo vanaf 2003 ook training bij de Tibetaanse Vajrayana-leraar Tsoknyi Rinpoche, met beoefening in Californië, Colorado en Kathmandu. Daarnaast studeerde hij bij andere leraren binnen de Nyingma- en Kagyu-tradities. In 2020 rondde hij de Vajrayana ngondro af, de voorbereidende basispraktijken. Tegenwoordig werkt hij aan Bright Window Hermitage, een kleine retraiteplek nabij Tassajara, ontwikkeld voor boeddhistische beoefenaars uit alle tradities.